تزوج الشيخ ثلاث مرات : الأولى من السيدة حليمة بنت الشيخ محمد حجازي ( رجل الثورة العربية ) وأعقبت له ثلاثة ذكور . والثانية من السيدة فاطمة بنت السيد شريف كحالة وأعقبت له ذكرين هما الشيخ شهير والشيخ نور . والثالثة من السيدة زينب أحمد أعقبت له ولدا سماه على اسم شيخه مولانا محمد بدر الدين ، وهو من أصدقائنا المحبين . من عادة أهل اللّه أنهم لا يحبون الظهور لأنهم كما يقولون : يقصم الظهور ، وكان الشيخ منهم ، يقول لولده الشيخ شهير : إذا مت تغسلني أنت وتحضر اثنين لدفني . فلما توفي الشيخ أخبر ولده الشيخ مكي الكتاني ، فقال : تصدّر النعوة باسم رابطة العلماء ويصلى عليه بالأموي ، وتكون التعزية في غرفة الاستقبالات في الجامع الأموي بدمشق ، وأخذ إذنا بذلك من دائرة الأوقاف . وسارت الجنازة لا تلوي على أحد ، فكان السيد مكي يقول للمشيعين : مهلا ، رويدا . فيقولون هي التي تسير بنا يا سيدي ، حتى دفن في باب الصغير مقابل مقبرة سيدي بلال الحبشي رضي اللّه عنهما ، وقد زرت قبره مرارا مع ولده السيد محمد بدر الدين تبركا بصاحب القبر رحمه اللّه تعالى وبحاله واخلاصه .